Historia de kingdom hearts 2

El juego comienza con Roxas, un chico de quince años que aparentemente vive una vida normal en Villa Crepúsculo con sus amigos. Mientras investiga con sus amigos unos extraños robos, descubre a unas criaturas que lo siguen llamados incorpóreos y a una misteriosa chica llamada Naminé. Tras un encuentro con Axel, un miembro de la Organización XIII, Roxas descubre que solo es el cascarón que se formó cuando Sora se convirtió en sincorazón (al intentar liberar el corazón de Kairi). Al descubrir a Sora en la cápsula en la que se quedó dormido un año, DiZ, un extraño personaje, le dice que es su destino unirse a Sora. Roxas acepta unirse a él diciendo que sus vacaciones terminaron, Sora despierta y junto a Donald y Goofy continúan su búsqueda de el Rey Mickey y Riku, sin recordar nada de lo que paso antes de quedarse dormido. Volvió a recordar a Kairi olvidando completamente a Naminé, mientras que Kairi (un año mayor) recuerda vagamente a sus amigos. Sora vuelve a recorrer los mundos de Disney  volviendo a sellar las cerraduras que se habían abierto. Durante su aventura encuentran al Rey Mickey y a Riku, pero la organización Xlll secuestra a Kairi junto con Pluto. Naminé logra salvarla y esta desaparece volviéndose a unir a Kairi.
Sora acaba con la organización uno a uno pero al liquidar a Axel, Roxas despierta en lo más profundo de Sora y pelea contra él. El incorpóreo casi acaba con Sora, pero un descuido hace que Sora gane y Roxas vuelva a unirse a él. Finalmente llegan hasta el último miembro de la organización,Xemnas , mientras, Donald, Goofy, Kairi y el Rey escapan al mundo de la luz dejando a sora y a riku peleando contra Xemnas. Después de una dura pelea, Xemnas es aniquilado y Sora y Riku escapan llegando a una playa sin salida. Riku y Sora deciden quedarse ahí pero una botella con una carta llega a Riku, quien se la da a Sora. Esa carta era la que Kairi había escrito intentando recordar a Sora. Mientras la lee, la puerta a la luz se abre enfrente de ellos. Sora se levanta, tendiéndole la mano a Riku,y se dirigen hacia la puerta. Sora y Riku aparecen en Islas del Destino, donde los demás les reciben. Sora le devuelve a Kairi el amuleto que le hizo y juntos rien (mientras sus incorpóreos lo hacen interiormente). Luego llega una carta que los tres amigos leen. A partir de ese momento se acaba la historia, dejando el tema de la carta abierto.